Non si può parlare di San Marco senza parlare dei Medici. Sarà infatti Cosimo il Vecchio, nonno del Magnifico, ad affidare al suo architetto di fiducia Michelozzo la ristrutturazione del convento, luogo particolarmente caro a Cosimo e dove si recava spesso. Per questo a lui erano destinate due delle 46 celle dei frati domenicani, dove si ammirano le splendide decorazioni ad affresco realizzate dal frate pittore Beato Angelico. Nel corridoio si trova il suo capolavoro, uno degli affreschi più conosciuti al mondo, la famosa e delicata Annunciazione. Tra le celle si trovano quelle del frate Girolamo Savonarola, con parte del suo saio, un suo celebre ritratto e il dipinto raffigurante il rogo in piazza della Signoria che lo ritrae durante l'esecuzione pubblica. La sua cattura nel convento (per aver accusato la Chiesa di corruzione e immoralità) fu annunciata dalla campana di San Marco, che suonò nel cuore della notte nel tentativo di richiamare i fedeli affinchè potessero salvarlo.
